El dueño de casa se alzó con la victoria gracias a un doblete de José Angulo (41 y 54 minutos), mientras que Pumas descontó con un tanto del ecuatoriano Fidel Martínez (73').
El desquite está programado para el próximo martes en Ciudad de México.
El ganador de la llave enfrentará en las semifinales en principio al vencedor de la serie entre el uruguayo Nacional y el argentino Boca Juniors, que igualaron 1-1 la semana pasada.
Independiente y Pumas cayeron en la impaciencia durante el cotejo, desarrollado en el estadio Olímpico Atahualpa, al pretender alcanzar la victoria de manera rápida y contundente.
Los 'felinos' acometieron con peligrosos ataques comandados por el charrúa Matías Britos que hicieron temblar a los ‘negriazules', quienes con angustia tuvieron que esperar hasta el minuto 41 para ponerse 1-0 en el marcador con tanto de José Angulo.
El ariete ecuatoriano se mantuvo alerta frente a la cabaña de Alejandro Palacios para aguardar un pase de media distancia de Junior Sornoza, bajar el balón con el pecho y, sin vacilar, rematar con el botín izquierdo ante la impotencia del defensa universitario Darío Verón por evitarlo.
El triunfo parcial de los 'rayados' del Valle empezó a echar tierra sobre las aspiraciones del conjunto mexicano, que al igual que su rival ansía llegar a las semifinales de la Libertadores por primera vez.
Al minuto 54, José Angulo volvió a ser el verdugo de Pumas al convertir el 2-0 con un soberbio cabezazo que encontró salido al guardameta.
La anotación para Independiente surgió de un tiro libre y un salto de Angulo por entre dos contrarios para cabecear.
José Angulo estuvo cerca de marcar un tercer tanto a los 70', pero su derechazo -que fue desviado por un defensor- impactó en el vertical derecho del portero Palacios.
Los universitarios mexicanos descontaron gracias a una diana de Fidel Martínez a los 73 minutos. El artillero ecuatoriano, que a los 58' reemplazó a Luis Quiñones, anotó con un zurdazo al atrapar un rebote en el caño, tras remate de cabeza de Britos.
En las filas del Pumas, Britos estuvo agudo en sus incursiones en el arco defendido por Librado Azcona, quien salvó su valla a los cinco minutos al despejar con las uñas un intento del mismo delantero charrúa.
Seis minutos después, Britos remató suave un servicio de Ismael Sosa, desaprovechando una buena oportunidad para convertir.
El club ecuatoriano también amenazó con empeños de Sornoza, que incluso a los 26 desde la esquina brindó un pase a Arturo Mina que desaprovechó una clara ocasión de gol.
Independiente donará la taquilla del encuentro de este martes para los damnificados por un terremoto que devastó la costa de Ecuador el 16 de abril pasado, junto a los 181.500 dólares recaudados en el choque con el argentino River Plate en Quito por octavos de final.
Los 'negriazules' ya hicieron historia en esta Copa Libertadores al eliminar a River, el campeón defensor del torneo.
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